Nem tűnik egyszerűnek.. A helyzet az, hogy az autocomplete mint olyan, az csak egy buta textfield, amire rá van ültetve egy ajaxos kereső. Amikor valamilyen referencet tárolsz, akkor valójában a id-t kell eltárolni. Ezért kerül bele Node Title [nid] formában az adat, mert feldolgozáskor parseolja az utolsó [] közötti számot, és azt tárolja el.

Az optimális igazából az lenne: Egy olyan form element type, hogy autocomplete, amely igazából egy hidden mezőként jelenik meg a htmlben, mellette a textfield kvázi csak megjelenítésre, nem adattovábbításra való. Igenám, de itt jön a furcsaság, az textfieldbe egy menu callback által visszaadott jsonból kerül az érték, és az is nyilván hülyén néz ki, hogy a kereséskor ott van benne az id, amikor rákattint, a text mezőbe csak a szöveg, a hidden részbe meg az id kerülne.
Valszeg valami ajax vuduval ezt is el lehet érni, de abban a részében nem nagyon vagyok otthon.

Ez volt a core részét érintő gondolatmenet, ám elvileg ezt form_alterből is le lehet vezényelni #ajax paraméter használatával. De arra továbbra sem látok megoldást, hogy lehetne kicsalni a json eredményből az id-t az érték kiválasztásakor..