"A Drush "dl" és az "up" között pedig szerintem biztos van valami különbség bizonyos esetekben"

Igen, van különbség, példa:

drush dl xmlsitemap --select
megmondod, konkrétan melyik változatot szeretnéd letölteni, ami lehet akár dev is

drush dl xmlsitemap
simán letölti az xmlsitemap aktuális legfrissebb, lehetőleg stable (!!) változatát (ha van; ha nincs, akkor rc-re vagy beta-ra próbál; dev-et csak legutolsó esetben (ha csak az van) próbálja meg letölteni)

drush up xmlsitemap
sajnos - eddigi próbáim alapján - ez működik az adott modulra, DE mégis az összes engedélyezett modulra végigfuttatja az update check-et, tök feleslegesen, DE csak a kijelölt modult (itt xmlsitemap) frissíti; most próbáltam konkrétan ezzel, és tényleg ez történt.
De hogy ne csak a szám járjon, itt a bizonyíték, nem ígéret:

amit fontos tudni erről, hogy ez csak az aktuális legfrissebb, lehetőleg stable változatra próbál frissíteni (aztán ha csak az van, rc, beta, dev).

Ezek az igazán lényeges különbségek, egyébként a Drupal sem csinál semmiféle mágiát a háttérben, a modulok definiálnak bizonyos update-változatokat, a Drupal pedig attól függően update-el, hogy egy adott modul éppen melyik változatnál tart; ennek megfelelően hívja meg a megfelelő hook_update_N-t:
http://api.drupal.org/api/drupal/modules!system!system.api.php/function/...
ebben megtörténik a megfelelő változatra történő frissítés, ha ezt kezdeményezi a júzer, amíg a szükséges adatbázis-frissítéseket az aktuális változatig el nem érte.

Itt egy példa:
file_entity_update_7002()
http://api.drupalhelp.net/api/media/file_entity--file_entity.install/fun...

Kérdezz, ha még valami felmerült, hátha tudok rá még válaszolni.

Mindenesetre a lényeg, hogy a drush dl használatával is nyugodtan frissíthetsz, amennyiben odafigyelsz, hogy valóban a jelenleg fent lévőhöz képest újabb változatot tölts le, aztán updatedb-vel frissíted az adatbázist, majd cache-t törölsz (drush cc all).