ha az oldalsávról van szó, köszönjük a jelzést, fixáltam.

Locale modult kapcsold be az admin/modules oldalon.

Ezt az update_check_disabled variable-t még nem ismertem, de ennek nem sok köze van az e-mailes update-értesítésekhez :)

idézem:
"I especially need to see ALL projects, both enabled and disabled, since a distribution user may decide to turn on a project which isn’t enabled by default."
szóval a lényeg röviden, hogy a letiltott modulokra is csekkolja a frissítést, pedig alapból nem tenné (csak enabled állapotban lévőkre)

"Egyszerűbb moduloknál szerintem sem lehet gond ha mondjuk felülírjuk a meglévő modul fájlokat. Komplexebb moduloknál azonban nem tudom, hogy jó ötlet ez."
Ezt igazából nem értettem. Ugyanezt csinálja az a módszer is, amit eddig csináltál, hogy admin-felületen kattintgattad össze, hogy frissítse a modult. :) Letölti tmp-be a modul cuccait, aztán ha rámész, hogy frissítse, akkor kicseréli a korábbiakat az új fájlokra! Éppen ezért, ha eme folyamat során hiba történik (például jogosultsági probléma vagy lock, amibe én már belefutottam IIS esetén), akkor akár inkonzisztens állapotba is kerülhet ez a könyvtár, tehát lehet, hogy nem töltődik le minden fájl, vagy épp üres marad, mert nem sikerült kicserélni a fájlokat... már volt sajnos ilyenben részem, ekkor manuálisan kell felmásolni a fájlokat, a hibát javítandó.

Tehát amit javasoltam, ugyanazt csinálja Drush-on keresztül, mint ami történik amúgy is. :)
A drush up -y használatakor is az történik, hogy készít egy backupot a modulok korábbi állapotáról, hogy azért a régi is meglegyen, és egyszerűen az új példányt bemásolja a régi helyére, aztán nyomat még egy adatbázis-update-et is. Szóval semmi mágikus dolog nem történik, csak manuálisan kényelmetlen folyamatokat automatizál a Drush. :)